代謝と言う用語は、主に物質代謝をさして使用される場合が多いが、物質代謝そのものはエネルギーの代謝によっておきている（またエネルギー代謝も物質の交代によって起きているので、相互に関連していると考える）。したがって、物質代謝およびエネルギー代謝を包括して指す言葉として本記事の『代謝』の正確な定義となる。
物質およびエネルギー代謝などの簡単な定義および位置づけは以下の通りである。
物質代謝：物質の変換
異化：外部基質の分解反応
同化：生体高分子の合成反応
エネルギー代謝：生体活動に関わるエネルギーの出入りや変換
化学エネルギー：化学エネルギーが基本となり以下のエネルギー、あるいは物質代謝に利用される
力学エネルギー：筋肉、鞭毛、繊毛、細胞分裂など
電気エネルギー：発電器官、神経伝達
光エネルギー：発光
なお、代謝反応のほとんど全ては各々の反応を担当する酵素あるいはタンパク質による。代謝マップにてその基質および生産物のみが描かれているが、その反応自体は酵素が担当している。代謝系において特定の物質ないしエネルギーの偏りが出来ないように基質、酵素化学、発現レベルにおける調節が見られ、その調節機構は非常に多様で厳密である。
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